Desde su creación, Sectra ha trabajado en el mejoramiento y desarrollo del sistema de transporte de las principales ciudades de Chile, mediante la elaboración y seguimiento de Planes Maestros de Transporte. Estos Planes constituyen un conjunto de proyectos e iniciativas que responden a las necesidades de movilidad, actuales y futuras, de los habitantes a partir de una visión integral de la ciudad, situación que es coordinada por Sectra en conjunto con todos los organismos que intervienen en la planificación y ejecución de proyectos urbanos. Producto de ello, en la actualidad, 30 ciudades de Chile cuentan con Sistemas de Transporte, que avanzan hacia su plena consolidación.

Para cumplir con estos propósitos, Sectra trabaja permanentemente en el desarrollo, actualización y perfeccionamiento de metodologías de evaluación social de proyectos de transporte, modelos y herramientas de simulación del sistema de transporte y manuales de diseño vial urbano. También posee un programa permanente de recolección y administración de información de transporte y usos de suelo.